El Puerto de Santa Fe, se sitúa en el corazón de la Hidrovía Paraguay - Paraná (km. 584 del Río Paraná), siendo, aguas arriba, el último Puerto de Ultramar apto para operaciones con buques oceánicos.

Su ubicación estratégica lo convierte en el eslabón adecuado para unir los nodos de transportes (terrestre-fluvial-oceánico), permitiendo el desarrollo de operaciones de cabotaje nacional e internacional y marítimas internacionales, para cargas unitizadas, containerizadas, graneles, general, etc., desde y hacia su Hinterland integrado por las Regiones Centro, NOA y NEA de la República Argentina.

Asimismo su posición privilegiada lo perfila geográficamente como el centro obligado de transferencias de cargas desde y hacia los países situados en la Hidrovía.

Al Puerto se accede desde el Océano Atlántico por la ruta denominada "Río Paraná de las Palmas", conformada por el Río de la Plata (Canal de acceso al Puerto de Buenos Aires, Canal Mitre), Río Paraná de las Palmas, Río Paraná Inferior, o por la ruta "Río Paraná Guazú - Paraná Bravo", integrada por el Río de la Plata (Canal de acceso al Puerto de Buenos Aires, Canal Martín Garcia), Río Paraná Guazú, Río Bravo, Río Paraná Inferior.

Aguas arriba, se vincula por los Ríos Paraná y Paraguay con Paraguay (Puerto de Asunción), Bolivia (Puertos Aguirre, Suárez) y Brasil (Puertos Ladario, Corumba, Cáceres - km. 3432 -)